先天性的屈光不正治疗起来更为复杂，如果是先天性的高度近视，这种情况需要及时的配戴框架眼镜，还可以选择配戴角膜塑形镜。如果患儿眼轴增长很快，还可以适当的考虑行巩膜扣带术以抑制眼轴的过快增长。如果患者先天性屈光不正的类型是高度远视并且伴有散光，这种情况在配戴框架眼镜的同时大部分患者会伴有弱视，同时还应该行详细及系统的弱视治疗，另外必要的时候还应该行视觉的功能训练。只有通过综合及系统的治疗才能得到一个比较好的治疗效果。