治疗甲亢的药物有硫脲类药物，例如丙硫氧嘧啶等，也包括甲巯咪唑等咪唑类药物。同时患者也可以使用β受体阻滞剂进行治疗，例如心得安等。甲亢药物的副作用一般包括过敏，发生率大约为15%。有时还会导致白细胞减少，严重时还会出现粒细胞缺乏、肝功能异常的情况。在用药前后需要定期监测肝功能，来确保用药安全。如果患者伴有哮喘，则不适合使用β受体阻滞剂。另外，甲巯咪唑和丙硫氧嘧啶都有导致胎儿畸形的风险，但是后者程度较轻，所以妊娠期和哺乳期合并甲亢的患者可首选丙硫氧嘧啶。