在临床上对于症状较轻的肛门脓肿，可以采用非手术治疗，如应用针对革兰氏阴性杆菌的广谱抗菌药物，此外，还可以配合温水以及高锰酸钾坐浴，局部还可以给予理疗，口服缓泻剂或者液体石蜡，以减轻排便时候的疼痛。如果肛门周围的脓肿症状较为明显，并出现了发热等全身症状，还应当给予及时的手术治疗。目前手术治疗，多采用脓肿切开引流以及一期挂线疗法，可以避免肛瘘的形成。具体的方法是在脓肿切开以后找到内口，切开皮肤挂线，使脓肿完全敞开通畅引流。术前可以以磁共振确定脓肿的部位和内口的位置，一次性的挂线引流治疗，可以取得很好的临床效果。