急性肠胃炎的鉴别诊断主要就是寄生虫感染，患者通常会有明显的周围血嗜酸性粒细胞增多的情况。胃肠道的肿瘤，主要是会有周围血嗜酸性粒细胞增高，同时也会有癌症和淋巴瘤的一些其他的表现。嗜酸性肉芽肿主要发生在胃和大肠、小肠呈局限性的肿块，病理组织检查为嗜酸性肉芽肿混于结缔组织机制中，同时周围血中白细胞数和嗜酸性粒胞细胞数常常不增加。