磷霉素氨丁三醇散等尿道感染最常见的感染菌是革兰氏阳性菌和阴性菌，比如大肠杆菌、痢疾杆菌、变形杆菌、沙雷菌、金黄色葡萄球菌以及铜绿假单胞菌等，所有这些常见的细菌感染。最常使用的药物是磷霉素氨丁三醇散，商品名叫复安欣，这个药对所有普通致病菌导致的感染都管用。另外，尿道感染还有特殊的感染，比如性病感染、滴虫性尿道感染需要使用甲硝唑；如果是淋病性尿道炎需要使用头孢曲松、头孢甲肟等等；如果是梅毒导致，需要使用青霉素氨苄。另外还有特殊疾病，比如结核需要使用抗结核药物。