胃肠道的肿瘤标志物有癌胚抗原CEA，糖类抗原CA 199 、CA 242 、CA 724、 CA 50。其中，糖类抗原CA199多用于胰腺癌，胆囊癌，胆管癌等综合癌症的辅助诊断。CA 242用于胰腺癌和结肠癌的辅助诊断。CA 724的主要用于胃癌的检查。其他的都可以用于结肠癌，与腺癌，肝癌，肺癌，乳腺癌，卵巢癌的肿瘤标志物检查都可以。其中，以癌胚抗原CEA和糖类抗原CA199最为常见和重要,两者联合检查可以大大提高肠道肿瘤的检出率，以及准确率。