肛门脓肿的主要病因是肛隐窝肛腺感染，肛腺位于括约肌间隙，其导管穿过内括约肌，开口于肛隐窝底部，肛管的后半部肛腺的密度较高，可有囊性肛腺存在，由于粪便异物或创伤引起腺管阻塞，致使肛管后部压力增高，由于分泌物淤滞，容易继发感染形成肛周脓肿。其他的病因还有如化脓性汗腺炎，局部化脓性皮肤病以及皮脂腺瘤的感染等皮肤损害，有些是因肛周外伤引起，如痔的硬化剂注射治疗、外科手术、食物中鱼骨等嵌塞，锐利异物刺入肛管等都能引起肛门脓肿。