临床上应用阿莫西林的副作用发生率约为5%到6%，因为反应而停药的约2%，主要副作用的有以下几项：第一、过敏反应的症状，可以出现药物热、荨麻疹、皮疹和哮喘等，尤其发生于传染性单核细胞增多症的患者，过敏性休克比较少见。第二、消化系统症状，多见腹泻、恶心、呕吐的症状，偶尔可以见到假膜性结肠炎等胃肠道的反应。第三、血液系统症状，偶尔可以见到嗜酸性粒细胞增多，白细胞减少，血小板减少贫血等。第四、可以见到皮肤黏膜的反应，偶见斑丘疹、渗出性多形性红斑、剥脱性皮炎等。第五、肝肾功能紊乱，少数患者用药后偶尔可以见到血清氨基转移酶轻度升高、急性间质性肾炎。第六、其他的兴奋、焦虑、失眠、头晕以及行为异常等中枢神经系统症状。长期使用的可以出现由念珠菌或耐药菌引起的二重感染，静脉注射量大使的可以见到惊厥或者是嗜酸性粒细胞增多。