首先要找出胃肠炎的病因，予以针对病因治疗。引起胃肠炎的病因有感染性因素和非感染性因素。感染性因素常见的有病毒和细菌。如果病毒引起的，没有特效的抗病毒药物；如果细菌感染引起的，予以抗生素治疗。非感染性因素最常见的是饮食方面的因素，予以调整饮食，不要一下子吃太多、太杂的食物。如果是对食物当中的某些成分过敏，则避免进食引起过敏的食物。另外予以对症治疗，可以予以保护胃肠黏膜的药物如蒙脱石散，调节肠道菌群的药物如益生菌，予以口服补液盐预防或治疗脱水和电解质紊乱。