子宫内膜异位症的发病机理至今都是不明确的，医学界主流的观念有经血逆流假说等，该假说认为女性月经期时经血由于压力的不平衡等原因可能会带着脱落的子宫内膜逆流到盆腔各处产生异位病灶，从而导致子宫内膜异位症。 也有人认为子宫内膜异位症的产生可能与遗传有一定的关系。还有人认为女性在经历刮宫时，刮脱的子宫内膜也有可能随着血液进入到盆腔各个位置种植形成异位病灶。