肠胃感冒高烧39度，需要立即给予退烧治疗，包括物理降温和药物退热，常用的物理降温方式有温水擦浴全身、冰袋冷敷额头和腋下、贴退热贴等，常用的退烧药有口服药包括布洛芬混悬液、复方对乙酰氨基酚片等。外用退烧药有吲哚美辛栓外用塞肛，可以退热，在进行退热治疗的同时，还需要针对肠胃感冒原发病来治疗，可以口服藿香正气水、左氧氟沙星片等来治疗，如果腹泻严重的话，还需要使用止泻药治疗。