龟头内侧有水泡的原因可能是：第一，龟头炎。龟头炎症由于有病原体的持续存在，刺激包皮就有可能会造成包皮上出现水泡，水泡通常会是单个或者数个，有可能会出现破损溃烂等情况的。第二，手淫或者性生活太过多。如果平时经常性的发生手淫以及性行为持续的刺激，龟头内侧有可能会导致局部摩擦过度而出现水泡的。第三，病毒感染。主要是生殖器疱疹，和疱疹病毒感染有很大的关系，也是会造成龟头上出现水泡的情况。