在临床上，其实大多数的肛周脓肿都是肛窦以及肛腺的感染引起的，因为在齿状线附近，肛窦和肛腺很容易引起感染，如果控制不好，肛窦以及肛腺感染会沿着括约肌间向外，向上和向下扩散，形成肛周脓肿，这是肛周脓肿形成的最主要原因，也是最常见的原因。除了这个之外，还有一些其他原因，也可能会引起肛周脓肿，比如说肛管直肠的外伤引起的继发性细菌感染，也会引起肛周脓肿，除此之外，溃疡性结肠炎，克罗恩病，肠结核也会引起肛周脓肿。另外，恶性肿瘤引起的继发性细菌感染也会引起肛周脓肿，只是在临床上并不是特别常见。