肾囊肿的病因有以下：一、先天发育不良，先天发育不良可产生多种疾病，对于囊肿性肾病而言，主要可造成髓质海绵肾，发育不良性多囊肾病等。先天发育异常的基因一般没有异常，因此它与基因遗传或基因突变是有区别。二、感染，感染可使人体内环境发生异常变化，产生有利于囊肿基因发生变化的环境条件，使囊肿的内部活性增强。常见的感染有上呼吸道感染，尿路感染，胃肠道感染等。三、囊肿形成的原因，基因突变。四、饮食，不良的饮食习惯可能造成很多疾病的产生。当然也是囊肿病产生发展变化的重要因素，这些都是肾囊肿的形成原因。