健脾益肾颗粒的副作用，临床发现的还是比较少见，但是由于健脾益肾颗粒，它所适用的人群是一些免疫功能比较低下的人群，因此使用的时候要慎重，如果用药过程中，出现任何的一些不适，都要进行警惕，必要的时候可以咨询医师，看是不是药物引起的，可以避免药物严重不良反应的发生。如果有过敏体质的要慎重使用，对健脾益肾颗粒过敏的要禁止使用，健脾益肾颗粒中药物成分中含有补骨脂，补骨脂长期使用的话，会容易引起肝肾的损伤，因此如果长期使用健脾益肾颗粒，需要进行肝肾功能的监测，以免引起肝肾的损伤。