怀孕三个月时，最重要的检查是B超的NT检查。通过NT检查，可了解胎儿颈项透明层厚度，以便判断有无出现染色体异常情况的出现。同时，孕妇还应进行产科的常规检查，如血尿常规、肝肾功能、乙肝、梅毒、艾滋病等；中国南方地区还应该进行地中海贫血的筛查。如果女性在非孕期有某些疾病，可进行针对性检查，例如甲状腺功能、糖尿病筛查等。