卵巢巧克力囊肿是否需要手术，需要根据囊肿的大小、是否存在粘连、与周围组织的关系、患者的年龄、生育要求综合考虑选择个体化的治疗方案。年轻女性可以选择药物治疗，药物治疗效果不佳时或者有生育要求可以采取药物治疗。如果药物治疗效果不佳，要及时的选择手术治疗，保留卵巢功能，通过积极的治疗。但是，卵巢巧克力囊肿术后还有一定复发的几率。所以，术后仍然需要长期的管理来预防巧克力囊肿的复发。