藿香正气丸有解表化湿、理气和中的作用。一般用于急性胃肠炎、胃肠型感冒所致的上吐下泻，发热等症状的治疗。所以，不宜于补益类的药物一同服用，比如像归脾丸，八珍颗粒，益气养血口服液，六味地黄丸，金匮肾气丸，左归丸，右归丸等。因为这些药物的滋腻之性比较强，可能会影响藿香正气丸的解表驱邪的作用。另外，这些药物也有可能会加重脾胃的负担，导致胃肠道症状的加重。另外由于藿香正气胶囊中的有效成分，虽然没有标明含有酒精的成分，但是仍然不推荐联合应用抗生素，尤其是头孢类，喹诺酮类或者是氨基糖甙类的消炎药一起服用。