灰指甲的治疗有很多的方法，临床上最常用的是药物治疗。包括：口服抗真菌药物、外用抗真菌药物、局部的指甲浸泡、手术拔甲或者激光磨甲涂药治疗。其中，内服药物适于多个指（趾）甲，如：每日口服盐酸特比萘芬片、伊曲康唑胶囊，用药量大，用药时间长，应定期监测药物不良反应。外用药物可以用30%冰醋酸外涂或医用碘伏浸泡病甲，每日2次，每次持续20分钟，持续3到6个月以上，涂药前先将病甲削薄，疗效更佳，同时，可以选用特比萘芬酊、阿莫罗芬搽剂。