六一散的副作用现在临床上不明确，它主要是治疗感受暑热导致的发热、身体倦怠、口渴以及泄泻、小便发黄以及可以外用治疗痱子。但是它也有一定的注意事项，特别是口服时一定要饮食清淡，忌酒以及辛辣、生冷和油腻的食物，并且在口服药物期间，不建议同时用滋补性的中药。如果外用以后切勿接触眼睛以及皮肤溃破的地方，再就是高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性疾病一定要在医师的指导下服用。以及儿童妇女特别是哺乳期的妇女以及孕妇、年老体弱者也要在医师指导下服用，如果在应用期间发生了过敏的情况，一定要禁止使用。