阴茎里面总是隐隐地疼，原因有以下几种：1.阴茎损伤。如果男性阴茎部位受过外伤或者是性生活时用力过大，可能会导致阴茎内部的软组织损伤，就会引起隐隐作痛的症状，一般还伴有轻度的血尿或者是血精。2.感染。如果男性私生活比较混乱，在性生活时也没有做好防护措施，有可能会被感染上非淋菌性或是淋菌性的尿道炎，就会导致阴茎内部出现疼痛，还伴有尿道烧灼感、龟头分泌物增多等症状。3.结石。比如尿道结石，结石在移动时，可能会对尿道造成损伤，也会导致阴茎局部出现疼痛。