引起甲状腺疾病的原因有很多，如单纯性的甲状腺肿，主要是碘元素的缺乏所导致的。Graves病是引起甲亢最常见的原因，其发病机制是因为机体出现了自身的异常抗体，是一种自身免疫性疾病，出现的异常抗体，如促甲状腺激素受体抗体，可以导致甲状腺增生，并且分泌过多的甲状腺激素，从而导致甲亢的发生。而桥本甲状腺炎是引起甲减最常见的原因，也是一种自身免疫性疾病，机体出现的异常抗体包括甲状腺过氧化物酶抗体，甲状腺球蛋白抗体等。这些抗体可以逐渐破坏掉甲状腺细胞，从而导致甲状腺细胞合成分泌的甲状腺激素水平降低，从而发生甲状腺功能减退症。亚急性甲状腺炎发生的机制，主要是病毒等因素破坏掉了甲状腺细胞，从而导致储存在甲状腺滤泡里的甲状腺激素漏出，导致血液循环里的甲状腺激素一过性的增高。