对于大部分一般的患者来说，在服用黄体酮软胶囊后是没有副作用的。在某些特殊情况下，服用黄体酮胶囊则可能会出现突破性出血，阴道点状出血，体重增加或减少，宫颈分泌物性状改变，乳房出现肿块，恶心，头晕，头疼，倦怠感，发热失眠或出现过敏的情况，甚至会有黑斑病，黄褐斑，肝功能等异常的不良现象发生。而长期使用黄体酮软胶囊则可能引起子宫内膜萎缩，经量减少，并容易发生阴道霉菌感染。