感染性腹泻最常见的病原菌为细菌和病毒。细菌感染引起的腹泻，如大肠埃希菌属、志贺菌属、沙门菌属引起的细菌性肠炎，可给予喹诺酮类抗菌药物，如左氧氟沙星、诺氟沙星；三代头孢类抗生素，如头孢曲松、头孢噻肟等等。病毒性腹泻有自限性，一般不需要抗病毒治疗。除此之外，真菌性腹泻，多见于患者长期大量使用抗生素后，停用抗生素，并给予制霉菌素、氟康唑等口服或静滴。寄生虫感染，可给予甲硝唑口服或静滴。