藿香正气丸可能导致的副作用包括少数患者服用之后可能会出现过敏表现，例如皮疹、瘙痒，严重者甚至出现血压下降、心率加快等过敏性休克的表现。部分患者服用藿香正气丸后会出现过敏性紫癜、上消化道出血，可能会出现血细胞计数异常，例如血小板减低等。另外，藿香正气丸还有可能导致出现双硫仑反应，一般表现在使用这种药物之后如果有饮酒，会出现面色发红、头晕、嗜睡、恶心、呕吐、血压下降等表现，所以在服用藿香正气丸期间要戒烟戒酒，不要吃辛辣、生冷、油腻的食物，用药期间还要注意避免服用头孢类药物。