由于肝结节的类型多样，其病因也就有多种，具体有：1、譬如对于肝硬化结节来说，其病因主要是由一种或多种原因引起肝脏损害，肝脏呈进行性、弥漫性、纤维性病变。具体表现为肝细胞弥漫性变性、坏死，继而出现纤维组织增生和肝细胞结节状再生，导致肝结节形成。2、又譬如肝局灶结节性再生，其病因未完全清楚。通常认为是在先天性血管畸形的基础上，因肝细胞酶系缺损而使细胞易受激素类药物的刺激、导致坏死后修复再生形成的结果。亦可能是对脉管性肝损害的异常再生反应。许多报告认为本病与口服避孕药有关，认为避孕药可能对肝局灶性结节状增生细胞有营养作用。