小青龙颗粒属于非处方药，上市后的不良反应报告显示，此药按照说明书推荐的剂量和疗程辨证合理使用还比较安全，患者普遍耐受性良好，不良反应较少。偶见患者出现恶心、食欲不振、腹泻等胃肠道反应，一般症状较为轻微，停药后症状就可以消失。出现胃肠道不良反应的患者，以及平时脾胃功能较弱的患者可以饭后服药，以降低胃肠道不良反应的发生率。还有极少数患者服药后会出现皮疹、瘙痒等不良反应，对此药过敏者禁用。长期或者过量服用会增加不良反应的发生率，服药三天症状无缓解应去医院就诊，服药期间忌烟酒及辛辣、生冷、油腻食物。