肛窦炎早期患者经常感觉肛门不舒适，如出现排便不尽感、肛门下坠感、肛门异物感等，排便时有刺痛感，几分钟内即可停止，还可出现不排便时，短时间阵发性刺痛感觉，可放射到臀部和股后侧。进行肛门指检可感受到肛门括约肌紧张、肛内有灼热感、肛隐窝病变处有明显的压痛。肛门镜检查可见肛窦充血水肿，肛乳头肿大，早期时一般感染较轻，这时应立即给予抗感染治疗，以防病情加重。感染加重，成脓后脓液沿着肛腺导管蔓延至肛周围软组织内，形成肛周脓肿，有可能造成肛瘘等疾病。