引起结肠炎的病因一般包括过敏因素、感染因素和自身免疫因素。过敏因素受个体差异影响，主要是肠道性过敏，也有时会累及皮肤。过敏性反应是受致敏物质刺激，自身免疫引起反应，释放出自卫物质而激发大量免疫细胞聚集，均集结在消化道粘膜表面，从而引起粘膜表面水肿充血及渗液等炎症发生。感染是结肠炎的主要病因之一，当吃了不洁或变质的食物，往往会发生肠道病变，这占结肠炎病因的多数。抗生素具有抑制大肠杆菌及其它致病菌的作用，应用抗生素治疗可减低临床症状。