卵巢巧克力囊肿的保守治疗可以通过口服非甾体抗炎药来减轻疼痛，另外，可以口服避孕药导致子宫内膜的萎缩和经量减少。长期连续服用避孕药造成类似妊娠的人工闭经，称为假孕疗法。适用于轻度的内异症患者。而孕激素可以通过抑制垂体促性腺激素分泌，造成无周期性的低雌激素状态，并且与内源性雌激素共同作用，造成高孕激素性闭经和内膜蜕膜化，形成假孕。再者还可以口服米非司酮、孕三烯酮、达那唑等进行治疗。另外也可以使用Gnrha。也就是促性腺激素释放激素激动剂，这种治疗方法称为药物性卵巢切除。