如果肛瘘手术后排便时疼痛，应当及时的查看伤口，明确是否存在脓腔，是否有脓液流出。如果没有潜在的脓腔，没有合并感染，可能是肉芽组织生长、粪便干结刺激创面导致的疼痛，应当积极的给予对症处理。应用止痛药物治疗，平时应当保持大便通畅，可以口服蜂蜜或液状石蜡油，软化大便，润滑肠道，促使大便的顺利排出，可以减轻粪便对创面的刺激，减轻疼痛的症状。如果肛瘘手术后排便时出现脓液，存在潜在的脓腔，还应当积极的给予清创处理，将脓液彻底的引流，减轻疼痛。