生态系统结构主要包括组分结构、时空结构、营养结构。生态系统是由生物与非生物相互作用结合而成的结构有序的系统。生态系统结构是指生态系统各种成分在空间上和时间上相对有序稳定状态。

组分结构是指生态系统中由不同生物类型或品种以及它们之间不同的数量组合关系所构成的系统结构。

时空结构也称形态结构，是指各种生物成分或群落在空间上和时间上的不同配置和形态变化特征，包括水平分布上的镶嵌性、垂直分布上的成层性和时间上的发展演替特征。

营养结构是指生态系统中生物与生物之间，生产者、消费者和分解者之间以食物营养为纽带所形成的食物链和食物网，它是构成物质循环和能量转化的主要途径。