确诊生殖道沙眼衣原体感染，包括检测支原体和衣原体，如果确诊感染过非淋菌性尿道炎衣原体阳性，经过治疗以后，检测衣原体是阴性的，说明已经治愈，或者从来没有检测过，现在检测衣原体是阴性的，距离高危性行为已经两周左右，那么可以排除感染衣原体。