治疗脂肪肝最重要的是减体重、限制饮酒、防治糖尿病、调节血脂、控制血压等，药物是辅助性的。某些非酒精性脂肪肝患者需要使用抗炎、保肝、抗纤维化的药物，1、肝活检确诊的非酒精性脂肪性肝炎，脂肪肝合并肝纤维化者。2、临床特征、实验室指标、影像学检查等提示可能存在明显肝损伤，或者进展性肝纤维化者，比如血清转氨酶和细胞角蛋白CK18持续升高，肝硬度检测提示肝脏弹性值显著升高，合并代谢综合征、2型糖尿病者。3、同时应用可能诱发肝脏损伤的药物，或药物治疗过程中出现血清转氨酶升高者。通常医生会根据疾病活动度、病情，以及药物疗效和价格合理，选用多烯磷脂酰胆碱、水飞蓟素、双环醇、维生素E、熊去氧胆酸、甘草酸制剂等中西药物，疗程通常需要1年以上。合并肠道菌群紊乱，和小肠细菌过度生长的脂肪肝患者，可以考虑使用益生元或者益生菌制剂，调节肠道菌群、改善肠道症状。