发烧后咳嗽一般考虑存在感染性因素，需要根据炎症的种类选择合适的药物口服治疗。炎症的种类有细菌、病毒、支原体、衣原体、真菌等。对于革兰氏阳性球菌感染，主要给予阿莫西林、头孢一代药物口服治疗。对于革兰氏阴性杆菌感染，主要给予头孢三代口服药物治疗。对于病毒感染，主要给与奥司他韦、四季抗病毒合剂、莲花清瘟胶囊等药物抗病毒治疗。对于支原体、衣原体感染，一般选择大环内酯类、喹诺酮类药物治疗，如阿奇霉素、左氧氟沙星、莫西沙星等。对于真菌感染，一般口服氟康唑、伊曲康唑等药物治疗。对于口服药物无效的患者，常需要静脉针剂治疗好得比较快。