子宫内膜异位症的常见病因有经血逆流，经血经输卵管进入盆腔，种植于卵巢和邻近的盆腔腹膜，并在该处继续生长蔓延，形成盆腔内异症。子宫内膜也可以通过淋巴及静脉向远处播散，发生异位种植，剖宫产术后腹壁切口或分娩后会阴切口出现内异症，可能是手术时将子宫内膜带至切口直接种植所致。此外，内异症具有一定的家族聚集性，某些患者的发病可能与遗传有关。患者一级亲属的发病风险是无家族史者的七倍，免疫调节异常在内异症的发生发展各环节中起重要作用。环境因素也与内异症之间存在潜在联系。