发烧39℃喉咙有疱疹，可以到医院进行检查，给予口服药物，或住院治疗。腋下的体温已经超过39℃，还伴有喉咙疱疹，主要考虑和疱疹性咽峡炎有关。疱疹性咽峡炎考虑和肠道病毒感染有关。如果这种情况出现在宝宝身上，应引起警惕。可以使用温水毛巾给宝宝擦拭，进行物理降温。还需配合口服布洛芬、对乙酰氨基酚等退热的药物治疗，可以帮助体温快速降低。还需及时带宝宝到医院进行血常规、肠道病毒检测。如果是肠道病毒感染引起的，需要给予抗病毒类的药物，比如抗病毒口服液、阿昔洛韦等治疗。口服药物不能退热时，需要住院给予静脉滴注的方法治疗。