预防肺栓塞主要的药物有肝素和华法林，普通肝素静脉给药尽快使ATPP达到维持正常值1.5到2.5倍，在使用肝素过程中必须复查血小板计数，复查时间在使用肝素的第3到5天，7到10天和14天，若血小板持续在30%以上停用肝素。华法林常用方法是在肝素开始应用的第1到3天加用口服抗凝剂华法林，两药重叠应用4到5天，等连续两天测定的国际化比例达到2.5时可停肝素。单服华法林疗程至少3到6个月，在治疗中主要的并发症是出血，一旦发生出血可给与维生素k拮抗。