扁平疣主要以外用药物治疗为主，还可以采用物理治疗的方法。皮疹数目比较多或者久治不愈者可以配合系统药物治疗，主要外用的药物有维A酸乳膏、重组人干扰素凝胶、五氟尿嘧啶软膏、酞丁安软膏、咪喹莫特软膏等等。系统药物主要有干扰素、左旋米唑、胸腺肽、转移因子、香菇多糖等等。如果顽固难治配合物理治疗，比如液氮冷冻、电离子治疗、二氧化碳激光治疗等等，一般需要根据个人的具体情况选择治疗方法。