双肾有囊肿，要根据囊肿分布的情况和囊肿的大小来选择不同的治疗方式。双肾囊肿需要鉴别是双侧多囊肾，还是双侧多发性囊肿。1、多囊肾属于一种遗传性的疾病，起病多累及双肾，且具有家族遗传性，无根治办法，一旦发生，终身进展，最终会导致肾功能不全。需要行CT检查，明确为多囊肾，则需要将较大的囊肿进行穿刺抽液减压，避免过早的肾功能损害，引起肾功能衰竭。2、多发性肾囊肿，这是一种后天性疾病，与遗传无关。行CT检查，如确实为多发性肾囊肿，则要根据囊肿的大小来治疗。原则上对于小于4cm左右的囊肿，可以临床观察或B超引导下穿刺抽液；对于超过4cm的囊肿，建议行腹腔镜手术行囊肿去顶减压。