肾脓肿的引起原因往是血行的播散，感染患者是存在有身体其他部位的病灶，然后通过血流传播，定植在肾内形成感染灶。常见的病原菌有革兰氏阳性的球菌，例如金黄色葡萄球菌，或者是表皮葡萄球菌、绿脓杆菌，还有一部分原因是由于存在有泌尿系的梗阻，然后尿液无法正常排出，细菌大量繁殖，形成肾盂肾炎，进一步引起肾脓肿感染。这两者的比例大体相当，所以需要通过临床做血常规、血细菌培养、尿细菌培养、泌尿系彩超来初步的筛查。