慢性腹泻可以选择氨基水杨酸类药物、抗结核药物、糖皮质激素、免疫抑制剂、生物制剂、微生态制剂、黄连素、蒙脱石散等治疗，但最重要的是需要针对病因进行治疗。患者可以做血常规、大便常规、腹部B超或CT、胃镜或肠镜等检查明确诊断。慢性腹泻可以是因为胃癌、萎缩性胃炎、胃切除术后、慢性细菌性痢疾、肠结核、肠易激综合征、肠道菌群失调、溃疡性结肠炎、克罗恩病、嗜酸性粒细胞性胃肠炎、结肠息肉、结肠癌、回盲部切除术后；慢性阿米巴结肠炎、放射性肠炎、肠淋巴瘤、类癌、盲袢综合征等胃肠道疾病引起，也可能是因为肝、胆道、胰腺疾病引起，如慢性肝炎、长期阻塞性的黄疸、肝硬化、慢性胰腺炎、肝癌、胆管癌、胰腺癌等。或者是一些全身性疾病，如甲状腺功能亢进症、糖尿病、尿毒症、系统性红斑狼疮、结节性多动脉炎、混合性风湿免疫疾病、动脉粥样硬化、食物过敏、慢性肾上腺皮质功能减退、甲状旁腺功能减退症等引起。