反流性食管炎和咽炎是两种不同的疾病，这两种疾病的区别主要在于首先病因是不同的。反流性食管炎往往是消化道动力不足引起胃内容物、胃酸反流到食管内，灼伤食管黏膜。另外也可能和消化道的发育异常有关，特别是食管下段括约肌张力下降或者贲门括约肌松弛，可能会引起胃酸的反流，导致反流性食管炎，而咽炎往往是细菌或病毒感染导致的上呼吸道炎症。其次，症状有一定的区别，反流性食管炎时往往会伴有反酸，嗳气，食欲不振，烧心感，胸骨后灼痛等症状。而咽炎主要是出现咽喉部位的疼痛，伴有刺激性咳嗽的症状。