长期结肠炎患者容易反复发作，可以应用一些药物进行治疗。口服中药，常用的药物有乌梅丸、驻车丸口服，起到温中补虚、清热化湿的作用，还可以口服痛泻要方合四逆散，起到疏肝理气、健脾和中的作用。一些中成药也可以治疗结肠炎，比如香连丸、固肠止泻丸、固本益肠片，还可以通过中医中药制剂灌肠，通过保留灌肠可以对腹泻、便血等症状起到一定的缓解作用，有时还可以加用氢化可的松适量肛滴灌肠。还可以塞入药物，比如柳氮磺胺吡啶栓、太宁栓等，还可以应用一些西药进行治疗。