急性结直肠炎可以吃头孢或左氧氟沙星、肠道微生态制剂，如复方嗜酸乳杆菌、双歧杆菌、酪酸菌等，或者是黄连素、蒙脱石散等药物。慢性结直肠炎可以吃抗结核药物、氨基水杨酸类药物、糖皮质激素、免疫抑制剂、生物制剂等药物。急性结直肠炎主要是患者进食了被病毒或者细菌污染的不洁食物之后出现的急性结直肠炎症，可以做血常规检查，血常规显示白细胞、中性粒细胞升高的，就是细菌感染引起，可以选择头孢或左氧氟沙星治疗。如果血常规显示白细胞、中性粒细胞正常，就是病毒感染引起，可以选择益生菌、黄连素、蒙脱石散等对症治疗。慢性结直肠炎主要包括肠结核、溃疡性结肠炎、克罗恩病等。肠结核可以选择抗结核药物治疗，疗程需要半年到九个月。溃疡性结肠炎和克罗恩病可以选择氨基水杨酸类药物、糖皮质激素、免疫抑制剂、生物制剂等治疗，疗程需要两年以上，有些患者需要终身维持治疗。