治疗扁平疣最好的药膏有很多，但是每个人有个体差异，对药物的治疗反应也各不相同。外用药物一般采用维A酸乳膏，咪喹莫特软膏进行治疗。或者也可以使用3%-5%的雷琐辛溶液，5%的氟尿嘧啶进行治疗。如果外用药物治疗效果不理想，可以用干扰素肌肉注射治疗。另外，扁平疣除了药物以外，还可以使用物理的方法进行治疗，比如微波，高频电离子，液氮冷冻，点阵激光等直接去除疣体。并且扁平疣是由于人类乳头瘤病毒感染引起的感染性疾病。可通过直接或者间接接触传染，所以在平时的时候要保持良好的卫生习惯。