三个月婴儿咳嗽，首先要根据孩子具体病情来分析。若是病毒感染引起的咳嗽，因为一般的普通抗病毒药物，没有特效药，此时可以口服止咳以及雾化止咳等进行局部对症治疗。若是因为支原体感染而引起的咳嗽，建议完善外周血肺炎支原体抗体检查。明确是支原体感染的前提下，可以选择大环内酯的药物，如阿奇霉素或者红霉素进行治疗，对治疗支原体效果好。同时也可以配合止咳的中成药，还有雾化药物止咳效果也挺好。