尖锐湿疣的治疗往往采用综合的治疗方法，也就是将激光、冷冻、电灼、光动力、药物等多种方法相结合。而尿道口尖锐湿疣由于位置在尿道口，相对比较隐蔽，可操作的空间比较狭小，所以尿道口尖锐湿疣治疗起来比其他部位的尖锐湿疣更加困难一些。而常用的冷冻和激光不适合尿道口，咪喹莫特乳膏和鬼臼毒素酊容易导致尿道口出现溃疡，引发较大的副作用。所以目前对于尿道口尖锐湿疣比较的理想方法是光动力疗法。