阴茎时不时隐隐作痛常见的原因如下：一、阴茎感染。如果阴茎表面或者阴茎皮下出现感染现象，会表现为阴茎疼痛不适，部分患者疼痛不是很明显。如果感染比较严重，则会表现为阴茎持续性疼痛。这种情况一般需要是用抗生素控制感染。二、尿道结石。当尿道里面结石体积比较大，卡在尿道中无法自行排出，结石会刺激尿道，从而引起尿道以及阴茎出现疼痛不适的症状。而且结石划破尿道黏膜，还容易导致尿血。如果结石无法排出，一般需要及时通过手术治疗。