在进行卵巢囊肿剥除的手术过程中，卵巢囊肿的大小、数量、与周围正常卵巢组织的界限和紧密程度等，都将会影响手术中对正常卵巢组织的损伤程度：若卵巢囊肿体积较大、数量较多、与周围正常卵巢组织粘连紧密（常见于卵巢子宫内膜异位囊肿，俗称巧克力囊肿），在手术剥除过程中，可能会损伤部分正常卵巢组织，进而影响卵巢的功能，可能会对生育力产生一定的影响。